Після кожного викиду Зона заселяється заново: старі мутанти зникають, нові з'являються. Убитий мутант не повернеться до наступного викиду, тож місцевість можна повністю зачистити. Зомбі виходять уночі, а в будівлях Прип'яті сидять і вдень. Решта мутантів полює цілодобово.
Дрібний гризун, що живе в покинутих квартирах і підвалах. Помирає з одного-двох ударів, але ходить зграями по 5-9 особин і бігає швидше за сталкера. Поодинці не несе загрози, давить кількістю.
Нащадок свині з тутешніх ферм. Здоров'я мало, але б'є дуже боляче. Пасеться на полях і фермах, у Прип'ять заходить рідко. Якщо загубила тебе з виду, не переслідує.
Живе там, де й плоть - на фермах та відкритих місцинах. Має втричі більше здоров'я, ніж плоть - набоїв на нього йде багато. На відміну від плоті, переслідує навіть тоді, коли втратив тебе з виду.
Швидка й боягузлива. Після укусу відбігає, кружляє навколо й нападає зі спини. У Селі новачків не водиться, зате чекає на дорогах одразу за ним. Ганяє кота-баюна по деревах.
Повільний, живучий та тихий. Ходить сам, повільно підкрадається та тисне масою: втекти від нього легко, а от убити непросто. Водиться навіть біля Села новачків.
Колишній сталкер у протигазі, що бігає рачки. Як він такий виник одна Зона знає. Стрибає на ціль здалеку та не боїться висоти. Полює групами по 2-4 особини, тож снорк поруч рідко буває сам.
Швидкий, сильний і витривалий. Після удару стає невидимим, тож шукай його за звуком і за тим, звідки прилітає наступний удар. У Селі новачків кровососів практично немає.
Карлик-телекінетик, ходить парами по будівлях Прип'яті. Якщо на нього нападеш, або він тебе помітить, піднімає куленепробивний щит. Б'є на відстані «псі-кулаком» і може вибити зброю з рук навіть крізь стіну. Ворогує з контролером.
Ходить зі свитою зомбі й сам за тобою не побіжить. Його псі-поле діє на кожного в радіусі 50 блоків: сповільнення, нудота й повільна втрата здоров'я. Впритул кусається, а поле не зникає, поки він сам не відступить.
Засадник, що говорить людським голосом. Кличе на допомогу, кидає випадкові фрази, починає розповідати анекдот і чекає, поки хтось підійде до нього. Ховається на деревах і за будівлями, на очі не показується.
Нападає, коли ти на нього не дивишся. Почув у лісі «допоможіть» - дивись на дерева. У Селі новачків трапляється зрідка.
Мутант-мімік. Виглядає як випадковий сталкер в Зоні: його скін, його броня, тільки в руках завжди порожньо. Ходить, бігає й роззирається як звичайний сталкер. Може підійти впритул і постояти, ніби пише в чат, а може тихо обійти й зайти за спину.
Справжню личину показує перед ударом. Маска злітає, якщо його вдарити, влучити в нього або клацнути по ньому ПКМ.
Класичні зомбі кількох видів: повільні інфіковані, джагернаути, отруйні, важкі та інші. Частина з них не з'являється сама, лише в окремих локаціях. На вулицю виходять вночі, а на світанку зникають до наступної ночі.
Кожна ділянка мапи отримує свій набір мутантів одразу після викиду. Убив зграю - вона не повернеться, поки не пройде наступний викид. Зачищений квартал Прип'яті чи поле біля ферми лишаються порожніми, і туди можна повертатись по хабар.
З мутантів випадають частини тіла, які купують торговці (Тремор, Еколог, Звіробій): вухо ведмедя, хвіст пса, щупальце кровососа, нога снорка, рука бюрера, мозок контролера та інші. Трофей випадає лише тоді, коли мутанта вбив гравець. З усіх зомбі завжди випадає гнила плоть і дуже рідко - карбованці. Хто й почім купує - у розділі «Квести та торгівля».